정부가 올해 초부터 시행하고 있는 동 제도에 대해 전경련이 R&D 투자 상위 30대 기업을 대상으로 만족도 조사를 실시한 결과, 응답기업의 84%는 새로운 R&D 세액공제 제도가 기업의 R&D 투자 확대 및 기술 경쟁력 강화에 도움이 된다고 평가했다.
하지만 응답기업의 56%가 실제 제도 활용에는 어려움을 겪고 있다고 응답해 제도의 실효성을 높이기 위한 일부 조항의 보완 및 개선이 필요한 것으로 나타났다.
기업들이 가장 큰 애로사항으로 지적한 것은 신성장동력 및 원천기술 R&D 비용을 구분 회계해야하는 점(64%)을 꼽았다.
현재 기업들의 R&D 회계시스템은 일반적으로 제품 개발을 위한 ‘프로젝트’ 중심으로 운영되고 있다. ‘신성장동력 및 원천기술 세액공제 제도’는 해당 ‘기술’만을 별도로 회계 처리 하도록 규정하고 있다.
하지만 이를 위해서는 기업들이 기존의 회계시스템에서 해당 기술 투자 비용을 분리하기 위해 시스템을 재구축해야 하고, 규정상 신성장동력 및 원천기술을 위한 별도의 전담 조직까지 운영해야 함에 따라 기업들의 부담이 가중되는 어려움이 있다.
이에 전경련은 현행 제도 하에서 기업들이 신성장동력 및 원천기술 개발에 투자한 비용에 대해 보다 효율적으로 세액공제를 받을 수 있는 방안을 강구할 필요성이 있다고 언급했다.
응답 기업의 52%는 개발하려는 기술이 새로운 R&D 세액공제 대상이 되는 지를 사전에 알 수 없다는 점에서 어려움을 겪고 있다고 밝혔다.
기업이 투자하려는 특정 기술이 세액공제 대상이 되는 기술에 포함되는지를 사전에 확인 할 수 없어, 이미 투자가 이루어진 다음년도에 해당 기술에 대한 세액공제 신청을 하고 나서야 그 여부를 판별 받을 수 있다는 것은 문제가 있다는 것이다.
전경련은 산업의 특성상 융복합 기술을 R&D 산출물로 생산하는 업종의 경우에는 기술 분류가 더욱 어려워, 기업들은 세액공제에 대한 막연한 가능성에 의존해 투자를 할 수 밖에 없는 상황이라고 설명했다. 따라서
기업들의 R&D 투자에 대한 불확실성 해소와 투자 촉진을 위해 세액공제 여부를 사전에 판별 받을 수 있는 시스템을 구축해야 한다고 강조했다.
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