물론 검찰총장과 서울중앙지검장을 동시에 대행 체제를 통해 업무를 수행할 사람은 있지만 수사에 차질이 있을 것이라는 우려가 나오고 있다. 특히 중수부의 폐지로 인해 특별수사 업무도 떠맡은 중앙지검의 수장 공백 사태는 검찰 지휘부에서도 부담스러운 부분이다.
현재 중앙지검은 남북정상회담 회의록 폐기 및 유출 의혹 수사, 이석채 전 KT 회장의 배임 및 횡령 혐의 수사와 효성그룹 탈세 및 비자금 의혹, 동양그룹의 사기성 기업어음 발행 의혹 수사 등을 진행 중이다. 국정원 의혹과 관련해 원세훈 전 국정원장과 김용판 전 서울경찰청장에 대한 공소유지 업무도 맡고 있다.
당분간 중앙지검의 지휘·결재는 검사장 유고시 직무대행인 윤갑근(49·연수원 19기) 중앙지검 1차장이 맡을 가능성이 높아 보인다. 대검 간부 등 여타 고위 간부가 직무대행으로 임명될 가능성도 배제할 수 없다.
중앙지검의 후임 인사에 대해서도 일단 새 검찰총장이 취임하고 난 이후에나 이뤄질 것으로 보인다.
황교안 법무부 장관은 김진태 후보자가 국회 인사청문회와 여야 청문 보고서 채택 과정 등을 거쳐 이달 중후반께 검찰총장에 정식 취임하면 적절한 인사 규모와 시점 등을 논의해 결정할 것으로 예상된다.
하지만 김 후보자가 최대한 빨리 취임해도 1주일가량이 소요되기 때문에 열흘간 가량의 검찰 지휘부 공백은 수사 진행에 큰 장애가 될 것으로 전망되고 있다.
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