세액공제가 안 되는 항목은 사내근로복지기금, 실손보험금, 국민건강보험공단 보전 의료비 등이 대표적이다.
부양가족 공제 시에는 소득금액을 검토해야 하는데 근로소득, 양도소득, 사업소득, 퇴직소득 등의 합계액이 100만원을 초과한 부양가족에 대해서는 부양가족공제를 받을 수 없다.
또 지난해 총 급여가 333만3333원을 초과했거나 양도소득금액이 100만원을 초과하는 등의 경우 역시 기본공제가 불가능하다.
신용카드사용액은 연간 소득금액 100만원만 따지기 때문에 만 20세가 넘었더라도 소득금액이 100만원 이하인 부양가족이 사용하면 공제가 가능하다.
연금저축은 본인 명의의 납액액에 대해서만 공제를 적용하고, 보험료는 기본공제대상자가 아닌 부양가족을 피보험자로 하는 보험료 납입액에 대해서는 세액공제가 불가능하다. 맞벌이 부부의 경우 보험 가입 시 보험의 계약자와 피보험자를 동일하게 설정하는 것이 절세할 수 있는 방법이다.
의료비는 나이 요건 및 소득 요건의 제한이 없다. 그러나 실제 의료비를 제출했다 해도 지급받은 보험금 및 의료비 지원액은 세액공제가 불가능하다. 간병비, 산후조리원, 미용·성형수술비용, 건강증진을 위한 의약품 구입비용, 국외의료비용 역시 공제에 해당되지 않는다.
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