전경련 “R&D 세액공제·설비투자 최저한세 배제해야”

“연구인력개발 준비금 일몰 3년 연장”

아주경제 채명석 기자= 전국경제인연합회가 20일 정부에 건의한 ‘2013년 세제개편 종합건의서’는 전년 보다 30건 늘어난 264건의 건의 과제가 담겨 있다.

이 가운데 연구·개발(R&D)과 관련한 건의 과제는 13건으로 두 번째로 많은 비중을 차지했다.

전경련은 R&D 관련 세액공제의 ‘최저한세’ 적용을 배제해야 한다고 주장했다.

최저한세란 사업소득이 있는 납세자(개인·법인)가 아무리 많은 공제나 감면을 받더라도 납부해야 하는 최소한의 세금을 말한다. 종전에는 조세지원의 종합한도에 대한 규정이 있어 법인이 조세감면을 받을 수 있는 한도를 제한했으나 1991년 이후부터 새롭게 최저한세제도가 도입돼 이를 대체하게 됐다.
전경련에 따르면 현재 연구인력개발비와 연구인력개발 성비투자 세액공제에는 최저한세가 적용되고 있다.

국내 R&D 투자는 지속적으로 증가하는 추세를 보이고 있는데, 2011년 총 R&D 투자액은 49조8904조원으로 전년 대비 13.8% 증가했으며, GDP 대비 4.05%를 차지하고 있다.

산업기술 발전 및 기업의 R&D 투자 확대는 조세지원에 힘입은 바가 크며 지속적인 경쟁력 향상을 위해 관련 정책지원이 유지･확대돼야 한다. 또한 국제 경쟁이 치열한 상황에서 연구인력개발에 대한 투자는 회사 생존에 필수이므로 국가에서 기술 육성을 위한 세제지원이 매우 중요하다.

문제는 R&D와 관련한 조세지원제도의 대부분이 최저한세 대상에 해당해 세액공제액이 이월되는 만큼 공제효과가 재투자되는 데 시차 발생하고 있다는 주장했다.

따라서 조세특례제한법상 연구인력개발비와 연구인력개발 설비투자세액공제의 최저한세 비대상을 적용해달라고 건의했다.

또한 내국인이 올 연말 이전에 끝나는 과세연도까지 연구·인력개발에 필요한 비용에 충당하기 위해 연구·인력개발준비금을 적립한 경우 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당금액을 손금에 산입하는 ‘일몰’ 제도를 투자 활성화를 유도하기 위해 2016년까지 3년 연장해야 한다고 건의했다.

전경련은 연구인력개발비는 2012년 1월 1일부터 시작하는 사업연도분부터 대기업의 석·박사 연구인력 인건비 지출액에 상당하는 R&D세액공제 금액에 최저한세를 적용키로 된 점도 문제가 있다고 지적했다. 석·박사 이상의 고급 인력 채용이 활발하고 고용확대를 통해 청년실업 해소에 기여하는 기업에게 최저한세를 적용하는 고용창출을 추진하는 정부정책에 반한다는 것이다.

이에 중소기업이 아닌 기업의 석·박사 연구인력 인건비 지출액에 상당하는 R&D 세액공제 금액에 대해 최저한세 적용을 배제해 줄 것을 요청했다.

연구개발 활동을 진행하면서 다양한 형태의 필수적인 연구개발비가 발생하지만 조세특례제한법 시행령에서 규정하고 있는 한정된 비용에 대해서만 세액공제를 적용받을 수 있어 R&D 투자촉진이라는 법 취지를 저해하고 있다는 주장도 나왔다. 전경련은 복리후생비, 출장비, 회의비 등 실질적으로 연구개발 활동에 소요되는 비용에 대해 세액공제를 확대 적용하고 연구개발과정에 일시적으로 사용되는 공구 등에 대해서도 연구인력개발세액공제 대상으로 규정해 기업의 연구개발활동을 촉진할 필요가 있다고 주장했다.

또한 ‘퇴직급여충당금전입액’이 조세특례법상 ‘인건비’가 아닌 ‘노무비’로 계상돼 새액공제 대상에서 제한되고 있는 상황도 개선에 이를 포함해 줄 것을 건의했다.

이밖에 신성장동력산업 및 원천기술 연구개발비에 대한 세액공제를 구분경리 방식에서 ‘추가 세엑공제’ 방식으로 변경하자는 주장도 제기했다. 2010년 1월 1일 조세특례제한법 제1조 개정 전의 방식에 따라 일반연구·인력개발비 및 신성장동력·원천기술 연구개발비를 구분하지 않고 계산한 연구·인력개발비 세액공제액에 신성장동력·원천기술 연구개발비의 일정비율을 추가해 총 연구·인력개발비 세액공제액을 산출하자는 것이다.

단, 추가 세액공제 방식 적용에 따라 신성장동력 및 원천기술 연구개발비 세액공제율은 기존 대기업 20%·중소기업 30%에서 각각 10%·15로 하향 조정된다고 전경련은 설명했다.